ドックタグを集めることによって、ゲームクリア後に特別なアイテムを取得することができます。各難易度ごとのドッグタグの合計により、入手できるアイテムが変わります。またドッグタグはタンカー編、プラント編それぞれ別々のカウントとなります。 従って多くの難易度でプレイすることになりますので、EASYやNORMALで多くのドッグタグを集めておくと良いでしょう。また『サーマルゴーグル』を装備すれば、敵兵の持っているドッグタグを見ることもできます。 なお、敵兵の中には一度しか現れない敵兵もいますので、注意しましょう。
<シェル1側> ・E脚側の上の壁に1個 ・階段右壁下に1個(階段の手すりに張り付くと見える。ソーコムで破壊。)
メタルギアの代名詞であるダンボールですが、スティルマンより爆弾解体の方法を教わった後、すぐにCD連絡橋に向かうと見ることができます。（EXTREMEでは出現しません。） ダンボール男を発見した際にソーコムなどで攻撃すると、ダンボールの破片が飛び散り、気がついて逃走します。（ダンボールを壊すと壊さないのでは、のちに雷電がダンボールを入手してスネークに通信する際の内容が少し変わります。） しかし残念ながら、捕獲はできません。またシェル2中央棟（浸水しているところ）でダンボールをかぶり、スネークに通信を入れると、妙に力の入ったダンボールの説明を詳しく聞けます。
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